Zgodnie ze statutem organami Spółki Wodnej „Międzyodrze” są:
1. Walne Zgromadzenie zwoływane przez Zarząd przynajmniej raz w roku
2. Zarząd
W skład Zarządu Spółki Wodnej „Międzyodrze” wchodzą:
- Przewodniczący Zarządu - Krzysztof Kwiecień
- Członek Zarządu - Wojciech Siadkowski
- Członek Zarządu, Sekretarz - Piotr Wachowicz
3. Komisja Rewizyjna
W skład Komisji Rewizyjnej Spółki Wodnej „Międzyodrze” wchodzą:
- Przewodniczący Komisji - Judyta Sejbuk
- Członek Komisji - Elżbieta Nanio
- Członek Komisji - Michał Przepiera