Zgodnie ze statutem organami Spółki Wodnej „Międzyodrze” są:

1. Walne Zgromadzenie zwoływane przez Zarząd przynajmniej raz w roku

2. Zarząd

W skład Zarządu Spółki Wodnej „Międzyodrze” wchodzą:

• Przewodniczący Zarządu - Krzysztof Kwiecień
• Członek Zarządu - Wojciech Siadkowski
• Członek Zarządu, Sekretarz - Piotr Wachowicz

3. Komisja Rewizyjna

W skład Komisji Rewizyjnej Spółki Wodnej „Międzyodrze” wchodzą:

• Przewodniczący Komisji - Judyta Sejbuk
• Członek Komisji - Elżbieta Nanio
• Członek Komisji - Michał Przepiera